A partir de la llamada Guerra Sucia -la cual sucedió entre 1964 y 1980- se comenzó a tratar el tema de desaparición de personas por parte del Estado Mexicano, estas desapariciones se cometieron como medidas de represión militar y policial encaminadas a disolver a los movimientos de oposición política y armada contra el entonces gobierno mexicano.
 
A pesar de que en aquella época se realizaron cientos de desapariciones forzadas, fue hasta el año 2000 cuando la Comisión Nacional de Derechos Humanos comenzó a investigarlos, emitiendo la Recomendación 26/2001 dentro de la cual se reconoció que en más de 250 casos de desaparición de personas se infringieron torturas, tratos crueles e inhumanos, con una evidente privación ilegal de la libertad.
 
Sin embargo, en aquel tiempo de la Guerra Sucia y de que incluso la CNDH iniciara con su investigación, México no contaba con el tipo penal del delito de desaparición forzada, ya que dicha figura fue incluida en el Código Penal Federal hasta el 25 de abril de 2001; por lo que, inicialmente a los involucrados en esas desapariciones se les proceso  por privación ilegal de la libertad. Fue hasta que la Suprema Corte de Justicia de la Nación determinó que era la desaparición forzada un delito continuo y que no se consuma hasta que aparezca la víctima viva o muerta. Es así, como dieron vigencia al delito para que todos los involucrados en la Guerra Sucia fueran juzgados por desaparición forzada, ya que hasta este momento hay personas que fueron desaparecidas y aún no se sabe su paradero o destino. 
 
Haciendo un paréntesis; es prudente recordar que las reformas constitucionales del año 2011 en donde se reconocieron los Derechos Humanos en nuestra Constitución, se hicieron con motivo de la resolución emitida por la Corte Interamericana de Derechos Humanos en la que entre otras cosas, condenaba al estado de mexicano por la desaparición forzada del señor Rosendo Radilla Pacheco por parte de los militares en el año de 1974 en Atoyac de Álvarez, Guerrero; esto fue como parte de la Guerra Sucia de aquel tiempo.
 
De esta manera, el Gobierno de México se vio en la necesidad de ratificar el 28 de febrero de 2002 la Convención Interamericana sobre Desaparición Forzada de Personas; y años más tarde -en 2008-, ratificaría la Convención Internacional para la Protección de Todas las Personas Contra las Desapariciones Forzadas; en estos instrumentos internacionales se ordena la tipificación de la desaparición forzada en las normas internas del país.
 
En la citada Convención Interamericana se expresa que la desaparición forzada es la privación de la libertad a una o más personas, cualquiera que fuere su forma, cometida por agentes del Estado o por personas o grupos de personas que actúen con la autorización, el apoyo o la aquiescencia del Estado, seguida de la falta de información o de la negativa a reconocer dicha privación de libertad o de informar sobre el paradero de la persona, con lo cual se impide el ejercicio de los recursos legales y de las garantías procesales pertinentes; por ejemplo: es cuando un servidor público -como policía o militar- tiene que ver con la desaparición de una o más personas. 
 
En cumplimiento a estos instrumentos internacionales, el 17 de noviembre de 2017 se publicó la Ley General en Materia de Desaparición Forzada de Personas, Desaparición cometida por Particulares y del Sistema Nacional de Búsqueda de Personas; y el 22 de junio de 2018 se publicó la Ley Federal de Declaración Especial de Ausencia para Personas Desaparecidas. 
 
Es así, como se crea la Comisión Nacional de Búsqueda de Personas, la que actualmente se encuentra a cargo de la Secretaría de Gobernación; así como, la creación de las Comisiones Locales de Búsqueda en todas las Entidades Federativas.
 
Debemos reconocer, que la situación social que se vivía en aquellos tiempos de la Guerra Sucia ha cambiado -tal vez para mal- en el caso de desapariciones, ya que en la actualidad con el alto índice de delincuencia y el creciente número de organizaciones criminales que pelean por el control a lo largo del territorio nacional, los seres humanos ya no solo desaparecen de manera ilegal a manos de servidores públicos, sino también a manos del crimen organizado, y muchos de estos desaparecidos son tirados en lo que se le ha denominado “fosas clandestinas”, algo muy diferente a las ya conocidas “fosas comunes”, aunque en ambas se arrojan cadáveres o restos de los mismos.
 
En base a lo anterior, actualmente se deben separar; que seres humanos han sido privados de la libertad con motivo de una desaparición forzada a manos de servidores públicos, o aquellos desaparecidos a manos de un delincuente u organización criminal. Aunque existen otros casos en donde las personas al parecer no tienen nada que ver con ninguna de esas dos modalidades y desaparecen, a quienes se les ha dado la categoría de extraviadas, ausentes o no localizadas.
 
Sin duda alguna, en cualquiera de los casos, existen familiares o allegados de esos seres humanos desaparecidos o no localizados que exigen a las autoridades ayuden a su localización, ya sea vivos o muertos; y de ser el caso, que se abra una investigación penal en contra de los involucrados con esas desapariciones y se restituyan el daño causado a las víctimas; es decir, a los que en su momento fueron desaparecidos o a sus beneficiarios, de acuerdo con la Ley General de Víctimas.
 
Desafortunadamente, existen grandes inconvenientes para que lo anterior se pueda atender de manera eficaz por parte del Estado en todos los niveles de gobierno.
 
Primero, por que las dependencias que tienen el primer contacto con las fosas clandestinas donde se encuentran cadáveres y restos humanos, o con las personas que van a reportar o denunciar el caso de un ser humano desaparecido, secuestrado, extraviado o ausente, son las Fiscalías o Procuradurías Generales de Justicia; así como la Fiscalía General de la República, en muchas ocasiones no clasifican esos reportes o denuncias de manera adecuada, ya que en vez de reportar e identificar el caso como desaparición forzada o desaparición por particulares, lo registran como persona no localizada, ausente o extraviada; y en el caso, de las fosas clandestinas y cadáveres que se encuentran en las mismas, no son identificados o triangulados con casos aislados de desapariciones; sin mencionar los casos que no son debidamente procesados por las autoridades y los Servicios Forenses del país.
 
Todas las bases de datos con las que cuenta la Comisión Nacional de Búsquedas de Personas de la Secretaría de Gobernación y las Entidades Federativas, se alimentan principalmente de la información que le proporcionan dichas Fiscalías y Procuradurías de los Estados, y la Fiscalía General de la República; por lo que, si estas últimas no hacen bien su trabajo y su clasificación, y por su puesto las investigaciones criminales, el número tanto de fosas clandestinas, desaparecidos y personas no localizadas seguirán variando como hasta ahora. 
 
Más aún, si la Secretaría de Gobernación abre la posibilidad a que toda la ciudadanía pueda reportar los casos de desapariciones forzadas, desapariciones por particulares, ausentes o extraviados, no se podrá saber con certeza que tratamiento le dará a esa información y, quienes serán los encargados de investigarlos, localizarlos e identificarlos; consecuentemente, poderlos sumar a las estadísticas adecuadas. 
 
De esta manera, se observa un gran desfase en las estadísticas que cada dependencia tiene sobre dichos temas; por lo que, diversas organizaciones civiles se han dado a la tarea de tratar de buscar e identificar en sus entidades federativas e incluso nacional, el real número de fosas clandestinas, desaparecidos, exhumados, y no localizados; pero desafortunadamente se han visto en la necesidad de volver a consultar a las mismas Fiscalías o Procuradurías, y en algunos casos, consultan las fuentes periodísticas, lo que acrecenta la variante en el número de casos. Para mejor comprensión de eso, se presenta solo una muestra a esas variantes que se han provocado: 
 
Comisión Nacional de Derechos Humanos
 
Como ya se refirió la CNDH emitió la Recomendación 26/2001, sobre la Guerra Sucia del periodo 1964-1980, en el cual se identificaron 250 Casos de Desapariciones Forzadas.
 
Tiempo después, emitió un informe precisando que del periodo de 2009 al 2014, se ubicaron 390 fosas clandestinas, en las cuales se hallaron 1,418 cuerpos, y 5,786 restos       
 
En un tercer informe en el año 2019, informó que del periodo del 1º de enero de 2007 al 30 de septiembre de 2016, se ubicaron  855 fosas clandestinas, exhumando 1,548 cadáveres y 35,958 restos óseos y humanos
 
Precisando que de un muestro hemerográfico se identificaron 1,143 fosas clandestinas, exhumándose 3,230 cadáveres y/o restos 
 
Además, se informó que la CNDH cuenta con una base de datos denominada “Sistema de Información Nacional de Personas Extraviadas y Fallecidas no Identificadas” (SINPEF); la que consideramos debe ser cotejada y comparada con la que lleva actualmente la Secretaría de Gobernación para normar criterios. 
 
Secretaría de Gobernación
 
El 6 de enero de 2010, la Secretaría de Gobernación informó que seguiría con el Sistema Nacional de Búsqueda de Personas que se había iniciado con el Gobierno de Enrique Peña Nieto.
 
Además, presentó un informe del periodo de 1º de diciembre de 2018 al 31 de diciembre de 2019, donde se ubicaron 873 fosas clandestinas, exhumándose 1,124 cuerpos, sin precisar si encontraron osamentas o restos óseos. 
 
Por otra parte, en un informe presentado en el mes de julio de 2020, la Secretaría de Gobernación informó que del periodo de 1964 a la fecha se han registrado 177,863 personas desaparecidas -recordando que en esa cifra se sumaron todos, incluyendo los ausentes y no localizados-, precisando que 73,201 siguen en esa condición; 104, 645 fueron localizadas; 6,401 fueron hallados sin vida; y 98,242 fueron hallados con vida. Sin embargo, no se precisa que han pasado con las investigaciones criminales que se debieron iniciar con motivo de esas desapariciones.
 
En ese último informe, se mencionó que del periodo de 2006 a la fecha, se hallaron 3,978 fosas clandestinas, exhumando 6,625 cuerpos.  
 
Del periodo 1º de diciembre de 2018 al 30 de junio de 2020 se hallaron 1,146 fosas clandestinas, exhumando 1,682 cuerpos.
 
En otro informe presentado por la Secretaría de Gobernación se señaló que en el actual gobierno se descubrieron 522 fosas clandestinas, lo que lleva a determinar un desfase en la información.
 
Sistema Universitario Jesuita de México
 
El 25 de marzo de 2018, se presentó un informe sobre la “Situación de Fosas Clandestinas en México”, durante las últimos 11 años.
 
En dicho informe se exhiben cifras hemerográficas del periodo del 2009 al 2016, en donde se advierten 564 fosas clandestinas, exhumándose 1,729 cuerpos y  44,758 restos o fragmentos. 
 
Precisando que esa cifra se tomó de 23 Estados de la República, y advirtió que la cifra podría aumentar a 900 fosas clandestinas con 2,393 cuerpos; dicho lo anterior, destaca que sigue sin generar certeza sobre la realidad de fosas clandestinas, y el total de cadáveres hallados.  
 
Por otro lado, se informó que de acuerdo con las cifras oficiales, desprendidas de 23 fiscalías o procuradurías desde finales de 2006 a mediados de 2017 las autoridades han registrado 1,608 fosas clandestinas, en estas se han exhumado 3,043 cuerpos de personas, y 868 restos o fragmentos.
 
Notas Periodísticas
 
En una nota periodísticas publicada el 18 de junio de 2019 se informó que existen 1,300 fosas clandestinas, 40,000 casos de desapariciones y 26,000 cuerpos sin identificar.
 
En otra nota periodísticas se publicó que del periodo 2006 al 2016, los estados reportaron 1,978 fosas clandestinas, la entonces Procuraduría General de la República informó de 232 fosas clandestinas. 
 
Universidad Iberoamericana y Agrupación Artículo 19
 
Presentaron el informe “Violencia y Terror, Hallazgos sobre Fosas Clandestinas en México”, en el cual se precisó que en el periodo del 2006 al 2017, en 24 entidades federativas se identificaron 1,606 fosas clandestinas, en las cuales se exhumaron 2,489 cuerpos, y 584 restos.
 
La lista de fosas clandestinas, desaparición de personas, y no localizadas son interminables y varían de manera considerable, pues el hecho de que varíen en un solo número implica por lo menos, un ser humano que esta desaparecido, no localizado y en el peor de los casos, que este muerto.
 
Definitivamente, el Estado Mexicano tiene en frente un verdadero reto, el primero de ellos es unificar los criterios a nivel nacional en el registro y atención de los casos de desapariciones forzadas, desapariciones de personas por particulares, no localizados, y fosas clandestinas; el segundo, obligar a todas las dependencias a informar los casos reales y por supuesto investigarlos y darles la atención debida; y tercero, combatir la delincuencia organizada que ha traído como consecuencia el incremento a este gran flagelo que ha dejado miles de desaparecidos y muertos en todo el país; sin olvidar la impunidad en el combate a los delitos y que México se ha convertido en un cementerio clandestino.