La "matanza" se produjo al alba, cuando soldados y policías dispararon contra los manifestantes favorables a Mursi que rezaban frente a la sede de la Guardia Republicana, denunciaron los Hermanos Musulmanes en un comunicado.
Estos incidentes frente a la Guardia Republicana causaron 42 muertos y más de 300 heridos, dijo un responsable de los servicios de urgencia sin precisar si se trataba exclusivamente de manifestantes islamistas.
Al igual que los Hermanos Musulmanes, el partido salafista egipcio Al Nur denunció una "matanza" y anunció que se retiraba de las discusiones sobre la elección de un primer ministro y la formación de un gobierno de transición.
"Decidimos retirarnos inmediatamente de las negociaciones en respuesta a la masacre delante de la sede de la Guardia Republicana" en El Cairo, indicó el portavoz de Al Nur, Nader Bakar, en Twitter.
El partido Al Nur era un socio islamista de la coalición mayoritariamente laica que apoya el derrocamiento de Mursi el miércoles pasado.
La tensión en Egipto no ha cesado de aumentar desde el miércoles pasado, cuando las Fuerzas Armadas derrocaron y detuvieron a Mursi.
Los enfrentamientos entre manifestantes favorables y opositores a Mursi causaron decenas de muertos.
Varios manifestantes dijeron que se habían registrado tiroteos y disparos de gases lacrimógenos en circunstancias que siguen siendo confusas.
Otros testigos contaron que las fuerzas de seguridad habían disparado al aire para dispersar a los manifestantes y que los disparos fueron hechos por "hombres de civil".
Las Fuerzas Armadas por su parte acusaron a "terroristas armados" de haber intentado atacar el cuartel general de la Guardia Republicana, dejando un saldo de un oficial muerto y varios soldados heridos, entre ellos seis en estado crítico.
Las Fuerzas Armadas denunciaron también la captura de dos soldados que fueron obligados a hacer declaraciones favorables a Mursi. Los dos soldados lograron escapar.
El barrio donde ocurrieron los enfrentamientos, sobrevolado por helicópteros, estaba cercado por retenes de las fuerzas de seguridad.
Paralelamente, el Partido de la Justicia y de la Libertad (PJL), fuerza política de los Hermanos Musulmanes, llamó en una declaración escrita al "levantamiento del gran pueblo de Egipto contra los que intentan robarle su revolución con tanques".
El PJL también exhortó a "la comunidad internacional, a los grupos internacionales y a todos los hombres libres del mundo a que intervengan para impedir otras matanzas y la aparición de una nueva Siria en el mundo árabe".
Pocas horas después, la fiscalía egipcia ordenó el cierre de la sede central en El Cairo del PJL después de que la policía descubriera armas en su interior, informaron fuentes de seguridad.
Por su parte, el dirigente opositor Mohamed ElBaradei condenó la muerte de las 42 personas frente al cuartel general de la Guardia Republicana y pidió una investigación independiente.