La erupción se produjo poco antes de las 06H00 locales (y GMT) en la misma área donde se registró otra menor el viernes, según la oficina de Protección Civil.
La alerta roja significa que ningún avión puede sobrevolar la zona a menos de 6.000 pies (1,8 kilómetros), dentro de un radio de 18,5 km alrededor del volcán Bardarbunga.
Protección Civil precisó que "todos los aeropuertos siguen abiertos", y que la zona cerrada al tráfico "no tiene ninguna incidencia en ningún aeropuerto".
La de este domingo es la tercera alerta roja que emite Islandia en una semana para la aviación, debido a la actividad sísmica cerca del Bardarbunga.
Este volcán es la segunda cima más alta de la isla, y se teme que pueda perturbar mucho el tráfico aéreo si hay una gran erupción.
La actividad sísmica en la zona hace temer que se repita lo ocurrido en la primavera de 2010, cuando la erupción de otro volcán islandés causó durante un mes un caos aéreo en buena parte de Europa, dejando a ocho millones de pasajeros bloqueados.